WT Cas9–sgRNA–DNA 三元複合體 — MD 視覺化
4 條獨立 replica × ~93.5 ns（amber14 / TIP3P / 4 fs HMR，~272k atoms，國網 Nano5 H100）
按 4-replica 平均 RMSF 上色
HNH = 最會動的域
Axis-B 介面：non-target 股外露
① 立體結構：把「誰在動」畫在真分子上
蛋白依 4-replica 平均 Cα RMSF 上色（冷藍 = 剛硬、燙紅 = 柔動）。
HNH 催化域整片發燙 = 指向 HNH 構形檢查點的第 4 個獨立證據。
蛋白 Cα RMSF（Å）
≤0.6剛硬 → 柔動≥2.1
non-target 股
sgRNA / target DNA
拖曳旋轉、滾輪縮放。3D 由 3Dmol.js（CDN）繪製，需連網載入函式庫。
4-replica 平均讀數（mean ± replica 散布）
差異要「超過 replica 散布」才算數 —— 這正是我們用來判定 eSpCas9 效應真偽的門檻。
② 逐域平均 RMSF —— HNH 客觀最高
7 個結構域的平均 Cα RMSF（4-replica 平均）。HNH 1.61 Å 明顯高於次高的 PI/REC（~1.3）。
RMSD 收斂（4 replica 疊圖）
蛋白 Cα RMSD vs 時間。4 條獨立軌跡都在 ~20 ns 後進入穩定 basin。
逐殘基 RMSF（均值 ± 散布）
深線 = 4-replica 均值，淺帶 = ±SD。底部色條為域；HNH 區塊已標紅。
誠實邊界（先導、非嚴格基準）：起始結構用 Chai-1 預測 RNP（介面偏鬆 → 只有大效應能冒出雜訊）、
無活性位 Mg²⁺、每 replica ~93.5 ns、RMSD 有輕微上飄（未完全收斂）。
apo→三元 HNH 由 1.86→1.61 Å：RNP 確實束縛一部分，但 HNH 仍居首 →
比 apo 更有說服力（反駁「apo 亂動是少了 RNP 的假象」）。嚴格版需完整 R-loop 晶體基準 + 更長取樣。